FromSqlRaw メソッドを利用して、Entity Framework から直接 SQL を実行することができます。
string sql = "SELECT * from dbo.Table1 WHERE Id in (1, 2, 3)"; var items = this._context.Table1.FromSqlRaw(sql).ToList();
リファレンス

生 SQL クエリ - EF Core
Entity Framework Core のクエリに対する生 SQL の使用
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